Atgavus Nepriklausomybę ir nūdien

Prasidėjus Atgimimui į Kryžių kalną keliauta organizuotai ir pavieniui. Maldingos kelionės ypač išpopuliarėjo, nes maldininkų jau niekas nevaikydavo, be to, su tautiniu pakilimu drauge ėjo ir religinis. Atsivėrus sienoms, Kryžių kalne ėmė lankytis ir kasmet vis gausiau svečių iš įvairių pasaulio kraštų grupės. Tad ir kalne pastatytieji kryžiai atspindi ne tik Lietuvos, bet ir visuotinės Bažnyčios vaikų padėkas, rūpesčius ir maldavimus. Pagal kryžių įrašus kone gali perskaityti pastarojo dešimtmečio istoriją. Sykiu kalnas tapo įvairių tautų ir netgi konfesijų žmonių bendrystės per Išganytojo kryžių liudytoju.

1990 m. rugsėjo pradžioje Šiaulių pedagoginio instituto studentų grupė, vadovaujama dėstytojo V. Bezaro, skaičiavo Kryžių kalno kryžius. Jų skaičiavimais, stovėjo 14387 kryžiai, kabojo arba buvo padėti 40944 maži kryželiai. Kryžius imta statyti ne tik pačiame kalne, bet ir prie jo. 1990 m. kryžiais užstatytas plotas sudarė 4602 kvadratinius metrus.

Pats svarbiausias Kryžių kalno istorijos įvykis – popiežiaus Jono Pauliaus II apsilankymas jame 1993 m. Būtent popiežius tą patį rudenį apsilankęs Italijoje, La Vernos kalno pranciškonų vienuolyne, paakino pranciškonus ir prie Kryžių kalno pastatyti eremą.

1997 m. įsteigus Šiaulių vyskupiją, Kryžių kalnas tapo naujosios vyskupijos širdimi, svarbiausia šventove po Šiaulių katedros.