Šventojo Tėvo apsilankymas
Pats svarbiausias Kryžių kalno istorijos įvykis – popiežiaus Jono Pauliaus II apsilankymas jame 1993 m. rugsėjo 7 d. Šventasis Tėvas prie kalno ta proga pastatytoje koplyčioje drauge su Lietuvos vyskupais aukojo šv. Mišias, dalyvaujant daugiatūkstantinei (maždaug 100 tūkst.) žmonių miniai. Pamoksle popiežius Jonas Paulius II nuoširdžiai prisipažino ilgai laukęs dienos, kai galės aplankyti šį kalną ir jame apmąstyti Kristaus kryžių, atskleidžiantį, kas yra Dievas ir kas yra žmogus. Prieš šv. Mišias ir po jų popiežius kopė į kalną pasimelsti ir apžiūrėti nepaprastai įspūdingo kryžių miško – Dievo meilės žmonijai liudijimo.
Šio lankymosi Kryžių kalne įspūdžiai vis ataidėdavo vėlesnėse popiežiaus kalbose, pasisakymuose. Šventasis Tėvas daugiausia ir prisidėjo prie to, kad Kryžių kalnas tapo itin plačiai žinomas pasaulyje.
Būtent popiežius 1993 m. apsilankęs Italijoje, La Vernos kalno pranciškonų vienuolyne, paakino pranciškonus ir prie Kryžių kalno pastatyti eremą. 2000 m. liepos 8 d. pastatytasis vienuolynas pašventintas. Jis stovi tik 300 metrų nuo Kryžių kalno.