XIX a. pabaigoje – XX a. pradžioje
XIX a. pabaigoje Kryžių kalnas jau buvo gana garsus, nors gal daugiausia vietos mastu. 1885 m. rusų archeologas S. V. Pokrovskis jį įtraukė į Kauno gubernijos archeologinių paminklų žemėlapį. XIX a. pab. jame lankėsi archeologas L. Kšivickis. Piliakalnį jis aprašė „Žemaičių senovėje“. 1893 m. duomenis apie Kryžių kalną Vilniaus viešajam muziejui, Vilniuje rengusiam IX archeologų suvažiavimą ir rinkusiam duomenis šiaurės vakarų Rusijos archeologinio žemėlapio sudarymui, pateikė Sutkūnų liaudies mokyklos mokytojas Feodoras Serikas. Apie 1870-uosius šį kalną kasinėjo Meškuičių parapijos kunigas Ladušinskis su pagalbininkais, tačiau kasinėjimus nutraukė. Kun. Ladušinskį kasinėti šį kalną veikiausiai paskatino vietos žmonių pasakojimai: kai kuriuose jų sakoma, kad šiame kalne neva nugrimzdusi bažnyčia. Apie Kryžių kalną 1888 m. rašė ir JAV lietuvių laikraštis „Lietuviškas balsas“ straipsnyje „Apie kalniukus Lietuvoje“.
Kalne vis daugėjo kryžių. 1850 m. jų stovėjo tik 20, apie 1888 m. kryžių tikriausiai buvo jau daug daugiau, nes kalne jau buvo įrengtas 14-os stočių Kryžiaus kelias. 1900 m. stovėjo maždaug 130 kryžių, 1902 m. – 155 kryžiai, 1914 m. – 200 kryžių ir koplytėlė. Praūžus Pirmajam pasauliniam karui apie 1920 m. suskaičiuota tik 50 kryžių. Petras Tarasenka, apsilankęs Kryžių kalne, rašė, kad kryžiai „vokiečių laikais daugiausia vietinių gyventojų, ypač naktigonių, kurie ir lig šiol tebegano arklius kalne, išnaikinti, sukūrenti. Likusieji ir buvę kryžiai mediniai. Yra ir du tik akmens kryžiai, esą turtingų žmonių statyti.“
Kryžių kalno raida nuo pat pradžių susijusi su Bažnyčia. Spontanišką tikinčiųjų pamaldumą palaikė ir skatino vietos parapijos kunigai. Tokią išvadą daro Dangiras Mačiulis, remdamasis archyviniais dokumentais ir etnografų surinktais duomenimis. 1844 m. įsteigta Meškuičių parapija, jai priklausė ir Jurgaičių kaimas, kurio žemėse stovėjo Kryžių kalnas. Naujai įsteigtos parapijos kunigai parapijiečius skatino statyti kryžius piliakalnyje, duoti pažadus Dievui, meldžiant sveikatos, pagijimo. 1923 m. šimtametis senelis Jonas Lukošaitis pasakojo, kad prieš kokius 80 metų „Meškuičių kunigai Babravičius ir Rukuiža patarė ligoniams daryti apžadus ir statyti kryžius tame piliakalnyj“. Gerai žinoma, kad jau XIX a. pabaigoje Kryžių kalnas žmonių laikytas šventa vieta, į jį pasimelsti keliaudavo tikintieji net iš gana tolimų parapijų.
