Sovietmečiu

Sovietmečiu Kryžių kalnas tapo plačiai žinomu, netgi užsienyje, kovos už tikėjimo laisvę simboliu. Juo labiau stengėsi okupantų valdžia kalną sunaikinti, netgi su žeme sulyginti, juo labiau jis klestėjo. Juo labiau buvo stengiamasi užgniaužti kryžių statymą, juo daugiau jų buvo čia statoma. Sunkiais okupacijos dešimtmečiais ypač atsiskleidė kryžiaus, kaip stiprybės ir vilties šaltinio, prasmė. Kryžių kalnas buvo pramintas lietuviškąja golgota.

Maža išliko žinių apie Kryžių kalną Stalino valdymo metais, kai represijos ir persekiojimai buvo ypač žiaurūs. Pasakojama, kad daug kryžių pokario metais būdavo randama po nakties. Juos veikiausiai pastatydavo žuvusių lietuvių partizanų artimieji. Po Stalino mirties prasidėjus vadinamajam atlydžiui, tikinčiųjų persekiojimai tapo mažiau brutalūs. Nuo 1953-ųjų iki 1959-ųjų valdžia, palyginti, laisviau žiūrėjo į kryžių statymą Kryžių kalne. Vien 1956–1959 m. laikotarpiu jame pastatyta maždaug 1000 kryžių. Dangiras Mačiulis rado dokumentų, liudijančių, kad netoli Kryžių kalno gyvenusiam Klemui Lukošaičiui Meškuičių apylinkės tarybos pirmininkas Rubeževičius buvo išdavęs net raštišką leidimą gaminti kryžius.