Kryžių kalno naikinimai
1959 m. vėl prasidėjo smarkus tikinčiųjų persekiojimas, bet kokių religinio gyvenimo apraiškų slopinimas, bažnyčių uždarinėjimas, šventų vietų naikinimas. Kryžių kalno naikintojai rėmėsi LKP CK biuro 1959 m. balandžio 20 d. priimtu nutarimu „Dėl priemonių, skirtų nutraukti masiniam šventųjų vietų lankymui“.
Reaguodami į LKP CK biuro nutarimą LKP Šiaulių rajono komitetas ir Šiaulių rajono darbo žmonių deputatų tarybos Vykdomasis komitetas priėmė nutarimą „Dėl istorinio-archeologinio paminklo „Kryžių kalnas“ sutvarkymo“. Jame nuspręsta Kryžių kalną įtraukti į istorinių-archeologinių paminklų sąrašą ir apsaugoti įstatymine tvarka. Netgi rengtasi surašyti instrukciją „dėl Kryžių kalno priežiūros ir naudojimo“, leisti organizuotoms ekskursijoms jį lankyti ir skirti toms ekskursijoms vesti vadovą. Toks Šiaulių rajono valdžios nutarimas centrinei valdžiai, matyt, pasirodė kone išsisukinėjimas, vengimas imtis konkrečių veiksmų. 1959 m. birželio 16 d. Lietuvos KP CK lektorius S. Nekrašius parengė pažymą „Apie esančią Šiaulių rajone taip vadinamą „Šventą vietą“–Kryžių kalną“. Joje Klemas Lukošaitis kaltinamas pasiskelbęs šio kalno tvarkytoju, rinkęs aukas šio kalno sutvarkymui, 1955–1959 m. pastatęs apie 200 kryžių. Pažymoje teigiama, kad kalne esama tokių kryžių, „ant kurių dviprasmiški ir net antitarybiniai užrašai“. Taip pat kaltinamas ir LKP Šiaulių rajono komitetas, kaip neva parodęs „politinį aklumą“, nevykdęs LKP CK Biuro nutarimo dėl vadinamųjų šventų vietų likvidavimo. Pažymoje nurodoma: „būtina pašalinti tuos kryžius… ir parodyti, kokia spekuliacija buvo vykdoma Kryžių kalne“.
Vietinė spauda („Leniniečio kelias“, „Leninietis“) tuojau atsižvelgė į šioje pažymoje išsakytą kritiką. Joje paskelbtuose straipsniuose kalnas vadinamas tamsybininkų dvasinės spekuliacijos forma, potencialių epidemijų šaltiniu, antisanitarijos platintoju ir pan. „Jaunimo gretose“ ir „Raudonojoje vėliavoje“ Kryžių kalnas pliektas J. Bulotos straipsniais. J. Bulota stengėsi savo straipsniuose parodyti Kryžių kalną kaip liaudies kovų prieš išnaudotojus ir prispaudėjus paminklą. Tai buvo okupacinės valdžios propagandos taktika – ne tik tiesiogiai naikinti šventąsias vietas, bet ir iškreipti tiesą apie jas, neigti bet kokią jų religinę vertę ir reikšmę. Sovietų valdžia tarp gyventojų dirbo vadinamąjį politinį-masinį darbą. Tokie propagandiniai pokalbiai su žmonėmis buvo vedami ir dėl Kryžių kalno, stengtasi išgauti neigiamų nuomonių, jas paskelbti spaudoje kaip vieningą liaudies balsą ir pan. 1959 m. lapkričio 18 d. LKP CK Propagandos ir agitacijos skyriaus instruktorius H. Lipnevičius rašė: „Pačiame kalne likviduoti kryžiai su dviprasmiškais užrašais ir kaip etnografiniam paminklui saugoti paskirtas sargas. Šiuo metu niekas jokių kryžių nestato.“
Kryžius statyti Kryžių kalne užrausta ir 1961 m. sausio 12 d. Gamtos apsaugos komiteto prie Lietuvos TSR Ministrų Tarybos priimtu įsakymu „Dėl Jurgaičių piliakalnio paskelbimo gamtiniu-istoriniu paminklu“. Jame rašoma: „uždraustas piliakalnio ir prie jo priskirtos teritorijos žalojimas, gadinimas ar savavališkas vietovės gamtinio pobūdžio pakeitimas (savavališkas paminklų statymas ar kitokios statybos, žemės kasinėjimas, šlaitų griovimas, gyvulių ganymas, teršimas ir kt.).“ Šiame rašte jau vengiama ir Kryžių kalno vardo, jis vadinamas piliakalniu, norint iš žmonių atminties visiškai ištrinti bet kokias kalno sąsajas su tikėjimu. Propagandiniu darbu žingsnis po žingsnio ruoštasi Kryžių kalno naikinimui., tuo metu vadintam „apvalymu“.
1961 m. kovo 27 d. Lietuvos KP CK biuras priėmė nutarimą „Dėl Jurgaičių piliakalnio sutvarkymo ryšium su 1861–1864 m. valstiečių judėjimo šimtosiomis metinėmis“. Jame numatoma „apvalyti Jurgaičių piliakalnį nuo ten esančių kryžių“ ir iki 1961 m. balandžio 30 d. piliakalnį „sutvarkyti“, pastatyti jame memorialinį akmenį su įrašu: „1861–1864“. Šį nutarimą ėmėsi vykdyti LKP Šiaulių rajono komitetas ir Šiaulių rajono DŽDT Vykdomasis komitetas. 1961 m. balandžio 1 d. medikų komisija surašė aktą. Jame teigiama, kad, patikrinus sanitarinę būklę Jurgaičių piliakalnyje, paaiškėjo, kad piliakalnis ir prie jo esantis šaltinis kelia didelį pavojų, jie neva platina infekcines ligas, todėl, komisijos nuomone, „čia susidariusi padėtis negali būti toliau toleruojama“. Prisidengus atseit gresiančia epidemija imtas vykdyti Lietuvos KP CK biuro nutarimas.
1961 m. balandžio 5 d., pasitelkus Meškuičių kolūkio buldozerius, traktorius, nuo Kalno imti šluoti kryžiai. Kryžius vertė kalinių ir kareivių būriai. Nuverstus kryžius pjaustė, degino laužuose, cementinius ir akmeninius daužė, skandino, geležinius vežė į metalo laužą. Per vieną dieną buvo sunaikinti visi kalne stovėję kryžiai. LKP Šiaulių RK sekretorius K. Pečiokas LKP CK sekretorių A. Sniečkų išsamiai informavo, kad 1961 m. balandžio 5 d. Jurgaičių piliakalnis buvo „apvalytas“. Sunaikinti, anot K. Pečioko rašto, kalne stovėję 2179 įvairūs kryžiai, iš jų mediniai dideli – 586, mediniai vidutiniai – 610, mediniai mažesni – 581, metaliniai su pagrindu po žeme arba be pagrindo – 151, betoniniai arba akmeniniai stulpai ar pagrindai – 51, monolitiniai-akmens – 61 kryžius, taip pat daugybė mažų kryželių, medalionų ir kt. Kryžius naikinant, budėjo milicija ir neleido niekam nė prisiartinti prie Kryžių kalno. Balandžio 6–10 d. suarti takeliai, kalne užsėta žolė ir pasodinta daugybė dekoratyvinių krūmų ir medelių, tarytum kalne kryžių nė nebūta.
Nors Kryžių kalnas buvo visiškai nusiaubtas, žmonės nepabūgo vėl jame statyti kryžius. Kryžių buvo pristatyta tiek, kad sovietų valdžia 1973 m. balandžio mėn. vėl ėmėsi siaubti kalną. Buvo sunaikinta beveik 400 kryžių. Trečią sykį kryžiai naikinti – 1974 m. lapkričio 23 d., ketvirtas naikinimas vyko 1974 m. per šv. Kalėdas. Vėl buvo sunaikinta maždaug 400 kryžių. Penktą kartą kalnas siaubtas 1976 m. vasarą. Tą sykį naikintojų užsimota taip smarkiai, kad sunaikinti ne tik visi kryžiai, bet ir dalis paties kalno nukasta. Bet Kryžių kalno taip ir nepavyko sunaikinti. Kryžiai, it gyvybės medis, vėl sulapodavo po nakties. Paskutinįsyk kalne sulaužyta apie 50 kryžių ir koplytstulpių 1985 m.
