Tarpukario Nepriklausomoje Lietuvoje
Kryžių kalnas stovi strategiškai gana svarbioje vietoje. Yra žinoma, kad kovų už Nepriklausomybę laikotarpiu lietuviai kariai, kovoję su bermontininkais, buvo įsitvirtinę ties kalnu iškastuose apkasuose. 1919 m. lapkričio 21 d. lietuviams pavyko įveikti geriau ginkluotus baltagvardiečius, vadinamuosius bermontininkus.
Nepriklausomybės laikais kalne toliau statyti kryžiai, žmonės, jau niekieno netrukdomi rinkdavosi čia melstis, būdavo rengiamos pamaldos, imti švęsti atlaidai. Šiaulių laikraštis „Momentas“ 1928 m. rašė, kad liepos 15 d. į kalną susirinko bene 10 tūkstančių žmonių. Panašaus dydžio maldininkų minia susirinko ir kitais metais. Į kalną žmonės būriais traukdavo ir per Jonines.
Kalne vis daugėjo kryžių. 1923 m. jų jau būta apie keturis šimtus. Tais metais Kalne lankęsis J. Rimkus rašė: „Tūkstančiai tų kryžių buvo pastatyta kalne ir nebūtų jų kame statyti, jeigu pasenę kryžiai nebūtų kalno prižiūrėtojo deginami.“ Daugybės mažų kryželių tikriausiai niekas nė neskaičiuodavo. D. Mačiulis rašo, kad Meškuičių klebonas daug mažų kryželių, tikinčiųjų suneštų į Kryžių kalną, surinkęs siųsdavo į misijas Afrikoje ir kitur.
Į Kryžių kalną plūstant maldininkų srautui imta svarstyti, ar nevertėtų jame pastatyti bažnytėlę-koplytėlę. 1929 m. buvo sudarytas komitetas, turėjęs organizuoti mažos bažnytėlės, skirtos Mišioms aukoti ir žmonėms susirinkti, statybą. Koplyčia statydinta iš paaukotos medžiagos. Anot Balio Buračo, Meškuičių parapijos kunigų iniciatyva 1929 m. pastatydinta kalne koplyčia, tačiau ji buvusi tokia neskoninga, kad „baisiai sudarkė gražų istorinį kalną, dėl tos koplyčios buvę ginčų tarp Meškuičių klebono ir Šiaulių dekano. Šiaulių dekanas norėjo Meškuičių kunigus priversti koplyčią nugriauti.“ 1935 m. Vyriausios statybos inspekcijos nurodymu koplyčia buvo nugriauta.
Kryžių kalną Nepriklausomybės metais saugojo valstybė kaip archeologijos paminklą. 1935 m. Valstybės archeologijos komisijos prašymu iš kelių ūkininkų, kuriems priklausė Jurgaičių piliakalnio teritorijos žemės, paimti pasižadėjimai, kad jie neardys, nekasinės ar kitaip nežalos kalno.
